早在2007年,在上合组织第六次政府总理会议上,温家宝总理就提议要加强边境地区传染病防治合作。2008年,根据俄罗斯的建议,上合组织在莫斯科召开了首次成员国卫生防疫部门领导人会议,专门讨论防治传染病问题。此后,这个会议成为以防治传染病为主题的专门机制,每两年左右举行一次,到2017年共举行了5次。2009年,上合组织发表了《上海合作组织地区防治传染病联合声明》,规划了防疫合作的重点方向和方式,包括加强卫生应急合作,完善边境等地区的传染病的流行病学监控体系,及时透明地交换传染病暴发信息,开展合作研究,在药品、诊断设备、医疗器械和疫苗等方面相互提供支持等。2010年,根据中国的倡议,召开了首届上合组织卫生部长会议。